W zupełnie innym świetle stawia Majów ich religia. Jako politeiści, Majowie wielbili liczne bóstwa, między innymi bogów słońca, księżyca, deszczu i kukurydzy. Kapłani byli biegłymi astrologami. Wśród elementów charakterystycznych dla religii Majów można wymienić posługiwanie się kadzidłem i wizerunkami, samookaleczenia, rytualne upuszczanie krwi oraz składanie ofiar z ludzi: jeńców, niewolników, a najczęściej z dzieci.

Inwazja Hiszpanów

Na początku XVI wieku Hiszpanie napotkali w Ameryce wysoko rozwiniętą cywilizację Majów. Hiszpańscy najeźdźcy, konkwistadorzy, mieli podwójny cel: zdobyć nowe ziemie i bogactwa oraz uwolnić Indian z pęt barbarzyńskich zwyczajów przez nawrócenie ich na katolicyzm. Czy konkwista przyniosła Majom prawdziwą wolność — religijną bądź jakąkolwiek inną?

Hiszpanie, w tym katoliccy duchowni, zagarnęli komunalne grunty Majów, które ci uprawiali od niepamiętnych czasów, stosując tradycyjną metodę żarową. Wywołało to wrogość pokrzywdzonych. Koloniści zawładnęli również głębokimi studniami krasowymi zwanymi cenotes, które były niemal jedynym źródłem wody na półwyspie. Na domiar złego Kościół nałożył na Majów pogłówne — roczny podatek — chociaż musieli już uiszczać podatek na rzecz państwa. Pogłówne od każdego mężczyzny wynosiło 12 i pół realaa, a od kobiety 9 reali. Hiszpańscy właściciele ziemscy wykorzystali sytuację i stworzyli system zależności zwany peonażem: najpierw płacili ten kościelny podatek za Majów, a następnie żądali od nich odpracowania długów, zmuszając ich do niewolniczej pracy.

Duchowieństwo domagało się też opłat za posługi religijne — za chrzty, śluby czy pogrzeby. Pobierając te opłaty i wspomniane podatki oraz użytkując ziemię zabraną Majom, Kościół bardzo się wzbogacił. A ponieważ miejscowych chłopów uznawano za przesądnych i z natury ograniczonych, księża i inni rządzący rościli sobie prawo do karania Majów chłostą, by narzucić im dyscyplinę i wyswobodzić z niewoli zabobonu.

Prawdziwa wolność nie nadeszła

Ani katolicyzm, wprowadzony w wyniku hiszpańskiej konkwisty, ani wojna kast nie dały Majom prawdziwej wolności. Religia, którą Majowie wyznają obecnie, jest religią synkretyczną, łączącą rodzime, prekolumbijskie tradycje z obrzędami rzymskokatolickimi.

Pewna książka poświęcona Majom tak charakteryzuje dzisiejszą sytuację: „Na polach, w jaskiniach i na górach Majowie dalej uprawiają kult pradawnych bóstw reprezentujących świat przyrody oraz wielbią swoich przodków (...), a jednocześnie chodzą do kościoła, gdzie oddają cześć świętym” (Mercedes de la Garza, The Mayas — 3000 Years of Civilization). Tak więc bóg Quetzalcoatl, inaczej Kukulcán, bywa utożsamiany z Jezusem, a bogini księżyca — z Marią Panną. Kult świętego drzewa kapokowego został zastąpiony przez adorację krzyża: wierni podlewają krzyż, jakby był żywym drzewem. Nie ma na nim figury Jezusa, za to przybrany jest kwieciem drzewa kapokowego.