W swoich inskrypcjach Nabonid twierdzi, iż wywodzi się z arystokratycznego rodu. Jak wynika z napisu na tabliczce znalezionej w pobliżu starożytnego Charanu (Haranu), jego matka lub babka żarliwie czciła Sina, boga księżyca (Ancient Near Eastern Texts, red. J. Pritchard, 1974, ss. 311, 312). Jako król, Nabonid również bardzo się angażował w kult Sina w Charanie i w Ur, gdzie ów bóg zajmował dominującą pozycję (ILUSTRACJA, t. 2, s. 324).

Tabliczki z pismem klinowym z ósmego roku panowania Nebukadneccara (Nisan 617-Nisan 616 p.n.e.) wspominają pewnego Nabunaʼida, „który jest nad miastem”; część historyków uważa, iż chodzi właśnie o Nabonida, który potem został królem. Oznaczałoby to jednak, że Nabonid otrzymał stanowisko w administracji państwowej w niezwykle młodym wieku i że był bardzo sędziwy, gdy jakieś 77 lat później (539 p.n.e.) zdobyto Babilon.

Nabonid wstąpił na tron po tym, jak zabito Labaszimarduka. Niemniej on sam uważał się za prawowitego władcę, a nie za uzurpatora, gdyż w jednej z inskrypcji nazywa siebie „potężnym spadkobiercą” Nebukadneccara i Neriglisara.

Odnaleziono kilka graniastosłupów z modlitwami do boga księżyca, w których Nabonid wymienia obok siebie swego pierworodnego syna, Belszaccara (Documents From Old Testament Times, red. D. W. Thomas, 1962, s. 73). Pewna inskrypcja donosi, że w trzecim roku swego panowania, przed wyruszeniem na wyprawę zakończoną zdobyciem Temy w Arabii, Nabonid wyznaczył Belszaccara do sprawowania władzy królewskiej w Babilonie. Poza tym napis ten wskazuje, iż Nabonid obrażał ludność swego imperium, gdyż na pierwszym miejscu stawiał kult boga księżyca i nie przyjeżdżał do Babilonu na uroczystości noworoczne. Według dokumentu znanego jako Kronika Nabonida w siódmym, dziewiątym, dziesiątym i jedenastym roku swego panowania Nabonid rezydował w Temie; za każdym razem pojawia się informacja: „Król nie przybył do Babilonu [na uroczystości miesiąca Nisanu]; bóg Nebo (posąg) nie wszedł do Babilonu, bóg Bel (posąg) nie wyszedł (z Esangili podczas procesji), św[ięto Nowego Roku się nie odbyło]” (Ancient Near Eastern Texts, s. 306). Ze względu na braki w tekście relacja z innych lat jest niepełna.

Gdzie indziej na temat oazy Tema napisano: „Upiększył miasto, zbudował (tam) [swój pałac] jak pałac w Suannie (Babilonie)” (Ancient Near Eastern Texts, s. 313). Najwyraźniej więc Nabonid wybrał Temę na swą królewską rezydencję i jak wynika z innych tekstów, zaopatrzenie sprowadzał wielbłądami z Babilonii. Choć nie zrezygnował z pozycji władcy imperium, rządzenie Babilonem powierzył Belszaccarowi. Ponieważ w Temie krzyżowały się starożytne szlaki handlowe, którymi karawany przewoziły przez Półwysep Arabski złoto i wonne korzenie, Nabonid mógł zainteresować się tym miastem ze względów ekonomicznych bądź militarnych. Przypuszcza się też, iż rządzenie Babilonem za pośrednictwem syna mógł uznać za rozsądne posunięcie polityczne. Wśród prawdopodobnych przyczyn wyraźnego upodobania Nabonida do Temy wymienia się również panujący tam zdrowy klimat oraz rozpowszechniony wśród Arabów kult boga księżyca.

Nie wiadomo, co Nabonid robił między dwunastym a ostatnim rokiem swego panowania. Spodziewając się agresji Medów i Persów pod wodzą Cyrusa Wielkiego, zawarł wcześniej przymierze z państwem lidyjskim oraz z Egiptem. Jak informuje Kronika Nabonida, w roku ataku sił medo-perskich był w Babilonie i brał udział w uroczystościach noworocznych, z okazji których do stolicy sprowadzono różne bóstwa Babilonii. O działaniach Cyrusa kronika donosi, że po wygraniu bitwy pod Opisem zajął miasto Sippar (ok. 60 km na pn. od Babilonu), a „Nabonid uciekł”. Następnie opisuje, jak Medowie i Persowie zdobyli Babilon, oraz wyjaśnia, że Nabonid wrócił do miasta i został pojmany (Ancient Near Eastern Texts, s. 306).