Wielu jego uczniów przeżywało rozterki w związku z rozpowszechnionymi wówczas zagadnieniami filozoficznymi. Dlatego Orygenes dogłębnie zbadał różne kierunki filozoficzne kształtujące ich młode umysły. Był zdecydowany w sposób zadowalający wyjaśnić studentom nurtujące ich kwestie.

Chcąc pogodzić Biblię z filozofią, Orygenes mocno polegał na alegorycznej interpretacji Pisma Świętego. Zakładał, że zawsze ma ono znaczenie przenośne i że niekoniecznie trzeba je za każdym razem rozumieć dosłownie. Jak zauważył pewien uczony, dzięki temu Orygenes mógł „dopatrywać się w Biblii uzasadnienia wszelkich niebiblijnych poglądów odpowiadających jego założeniom teologicznym, przy czym uważał się (niewątpliwie szczerze w to wierząc) za wyjątkowo entuzjastycznego i wiernego wykładowcę zawartych w niej myśli”.

O sposobie rozumowania Orygenesa świadczy list, który napisał do jednego ze swych uczniów. Zwrócił w nim uwagę na to, że Izraelici wykonali przybory do świątyni Jehowy z egipskiego złota. Doszukał się w tym przenośni uzasadniającej przekazywanie nauk chrześcijańskich za pomocą filozofii greckiej. Napisał: „Jakże pożyteczne były dla dzieci Izraela przedmioty wyniesione z Egiptu — nieużywane przez Egipcjan we właściwy sposób, a dzięki mądrości od Boga wykorzystane przez Hebrajczyków w służbie dla Niego”. W związku z tym Orygenes zachęcił swego ucznia, by „wydobywał z filozofii Greków to, co może posłużyć jako materiał do studiów lub stanowić wprowadzenie do chrystianizmu”.

To swobodne podejście do interpretacji Biblii przyczyniło się do zatarcia granicy między naukami chrześcijańskimi a filozofią grecką. Na przykład w dziele O zasadach Orygenes opisał Jezusa jako ‛jednorodzonego Syna, który wprawdzie narodził się, jednakże bez jakiegokolwiek początku’. Dodał też: ‛Jest to narodzenie wieczne i wiekuiste. Syn mianowicie nie powstaje przez przybranie z zewnątrz ducha, lecz z natury swojej jest Synem’.

Orygenes nie znalazł takiego wytłumaczenia w Biblii, gdyż Pismo Święte naucza, że jednorodzony Syn Jehowy jest „pierworodnym wszelkiego stworzenia” oraz „początkiem stworzenia Bożego” (Kolosan 1:15; Objawienie 3:14). Zdaniem historyka Kościoła Augusta Neandra przyjął koncepcję „odwiecznego rodzenia” na podstawie swych „filozoficznych studiów nad szkołą platońską”. W ten sposób Orygenes złamał podstawową zasadę podaną w Piśmie Świętym: „Nie wychodźcie poza to, co jest napisane” (1 Koryntian 4:6).

Ponieważ Orygenes łączył nauki biblijne z filozofią grecką, w jego poglądach roiło się od błędów, co dla chrześcijaństwa miało opłakane następstwa. I chociaż większość jego bezpodstawnych spekulacji później odrzucono, to na przykład koncepcja „odwiecznego rodzenia” Chrystusa stała się podwaliną niebiblijnej nauki o Trójcy. W książce The Church of the First Three Centuries (Trzy pierwsze wieki Kościoła) zauważono: „Upodobanie do filozofii [zaszczepione przez Orygenesa] miało dawać o sobie znać jeszcze przez długi okres”. Z jakim skutkiem? „Skażono prostotę wiary chrześcijańskiej, a do Kościoła wkradło się nieprzeliczone mnóstwo błędów”.