W świątyni zbudowanej przez Salomona stały tam jeszcze dwa duże cheruby, wykonane z drzewa oleistego i pokryte złotem (1Kl 6:23-28). Po niewoli babilońskiej w Miejscu Najświętszym nie było już świętej Arki.

W świątyni Salomona ściany i sufity były wyłożone drewnem cedrowym i pokryte złotem, poza tym na ścianach znajdowały się płaskorzeźby przedstawiające cherubów, a także palmy, dyniowate ozdoby i kwiaty (1Kl 6:16-18, 29; 2Kn 3:7, 8).

Najskrytsze pomieszczenie w przybytku, a potem w świątyni; nazywane też Świętym Świętych (Wj 26:33, przyp. w NW; 1Kl 6:16). W przybytku pomieszczenie to najwyraźniej miało kształt sześcianu o boku 10 łokci (4,5 m). Miejsce Najświętsze w świątyni wybudowanej przez Salomona miało dwukrotnie większe wymiary niż w przybytku, a zatem jego objętość była ośmiokrotnie większa (Wj 26:15, 16, 18, 22, 23; 1Kl 6:16, 17, 20; 2Kn 3:8).

Arcykapłan wchodził do Miejsca Najświętszego jednego dnia w roku, w Dniu Przebłagania; nikomu innemu nie wolno było wchodzić poza zasłonę oddzielającą to pomieszczenie od Miejsca Świętego (Kpł 16:2). Gdy arcykapłan przebywał w Miejscu Najświętszym, otaczały go kolorowe postacie cherubów wyhaftowane na zasłonie i na wewnętrznej tkaninie okrywającej przybytek (Wj 26:1, 31, 33). W świątyni Salomona ściany i sufity były wyłożone drewnem cedrowym i pokryte złotem; poza tym na ścianach znajdowały się płaskorzeźby przedstawiające cherubów, a także palmy, dyniowate ozdoby i kwiaty (1Kl 6:16-18, 29; 2Kn 3:7, 8).

Z Biblii wynika, że w Dniu Przebłagania arcykapłan wchodził do Miejsca Najświętszego trzykrotnie: najpierw z wonnym kadzidłem i złotą kadzielnicą napełnioną węglami z ołtarza, potem z krwią byka, stanowiącego dar ofiarny za grzech plemienia kapłańskiego, a na koniec z krwią kozła — daru ofiarnego za grzech ludu (Kpł 16:11-15; Heb 9:6, 7, 25). Arcykapłan kropił krwią zwierząt ziemię przed złotą Arką Przymierza, na której pokrywie znajdowały się złote cheruby i nad którą unosił się obłok symbolizujący obecność Jehowy (Wj 25:17-22; Kpł 16:2, 14, 15). Obłok ten przypuszczalnie promieniował blaskiem i stanowił jedyne źródło światła w tym pomieszczeniu przybytku, nie było tam bowiem żadnego świecznika.

Gdy przybytek znajdował się na pustkowiu, nad Miejscem Najświętszym za dnia unosił się obłok, a w nocy słup ognia, widoczny w całym obozie izraelskim (Wj 13:22; 40:38; Lb 9:15; por. Ps 80:1).

Brak Arki w późniejszych świątyniach. Nie wiadomo, kiedy i w jakich okolicznościach zaginęła Arka Przymierza. Gdy w 607 r. p.n.e. Babilończycy splądrowali i zburzyli świątynię, najwyraźniej nie zabrali Arki, bo nie wymieniono jej wśród zrabowanych wtedy sprzętów (2Kl 25:13-17; Ezd 1:7-11). W drugiej świątyni, zbudowanej przez Zerubbabela, i w późniejszej, bardziej okazałej świątyni Heroda w Miejscu Najświętszym nie było już Arki Przymierza. Kiedy umierał Jezus, Bóg okazał swój gniew, sprawiając, że rozdarła się z góry na dół gruba, ciężka zasłona oddzielająca Miejsce Najświętsze od Miejsca Świętego. Kapłani usługujący w Miejscu Świętym mogli wtedy zajrzeć do Miejsca Najświętszego i przekonać się, że nie było tam Arki symbolizującej obecność Boga. Zdarzenie to potwierdzało, że ofiary przebłagalne składane przez żydowskiego arcykapłana nie miały odtąd wartości i że służba kapłanów z plemienia Lewiego przestała być potrzebna (Mt 23:38; 27:51; Heb 9:1-15).