W odpowiedzi na te zarzuty przedstawiciele ogrodów zoologicznych tłumaczą, że placówki te odgrywają niezwykle ważną rolę w ochronie fauny i w edukacji ekologicznej. „Naszym celem jest wzbudzanie szacunku dla zwierząt” — wyjaśnia Jaime Rull z madryckiego ogrodu zoologicznego Faunia. „Chcemy zmotywować zwiedzających do pomocy w chronieniu naturalnych siedlisk, nieodzownych zwierzętom do przetrwania”. Badania potwierdzają, że dobrze zorganizowane wystawy w ogrodach zoologicznych rzeczywiście zwiększają społeczną świadomość tego, jak potrzebna jest ochrona gatunków zagrożonych wyginięciem.

Niektóre z rzadkich gatunków — na przykład panda wielka — cieszą się szczególną sympatią. Noelia Benito z zarządu Akwarium w madryckim zoo mówi: „Wszyscy chcą zobaczyć nasze dwie pandy. To główna atrakcja, a zarazem symbol naszej walki w obronie zagrożonych gatunków. Choć pandy są bardzo wybredne w doborze partnera, mamy nadzieję, że wydadzą na świat młode”.

W odróżnieniu od pand wiele zwierząt swobodnie rozmnaża się w ogrodach zoologicznych dzięki sprzyjającym warunkom i dobrej opiece weterynaryjnej. Skuteczność programów reprodukcyjnych jest odpowiedzią na zarzuty krytyków twierdzących, że placówki te nie powinny być zaangażowane w handel zagrożonymi gatunkami. Wiele ogrodów nie tylko hoduje zwierzęta wystawowe, lecz także stara się o rozmnożenie ginących gatunków z myślą o wprowadzeniu ich do środowiska naturalnego.

Główną przyczyną wymierania gatunków jest utrata pierwotnych siedlisk. Właśnie dlatego ogrody zoologiczne często sponsorują programy ochronne i współpracują bezpośrednio z rezerwatami w krajach tropikalnycha.