Într-o perioadă mai târzie, numele a căpătat o conotație mai mult religioasă decât etnică sau politică. „Samaritean” era o persoană care aparținea sectei religioase ce s-a format în regiunea Sihemului și a Samariei și care susținea anumite doctrine total diferite de doctrinele iudaismului (Ioa 4:9).

În opinia unor erudiți, construirea templului samaritean pe muntele Garizim (posibil în sec. al IV-lea î.e.n.) pentru a rivaliza cu cel din Ierusalim a marcat ruptura definitivă dintre iudei și samariteni, deși unii consideră că relațiile dintre ei au încetat după mai bine de un secol. Când Isus a început serviciul de predicare, aceste relații nu se îmbunătățiseră cu nimic, chiar dacă templul de pe muntele Garizim fusese distrus cu circa un secol și jumătate mai înainte (Ioa 4:9).