იმ დროს ბევრი მისი მოსწავლე თავს იმტვრევდა იმავე პერიოდისთვის აქტუალურ ფილოსოფიურ საკითხებზე. მათთვის რომ დახმარება აღმოეჩინა, ორიგენემ საგულდაგულოდ შეისწავლა სხვადასხვა ფილოსოფიური მიმდინარეობა, რომლებიც აყალიბებდნენ მისი ახალგაზრდა მოსწავლეების აზროვნებას. ის ცდილობდა, დამაკმაყოფილებელი პასუხები გაეცა თავისი მოსწავლეებისთვის ფილოსოფიურ საკითხებთან დაკავშირებით.

ფილოსოფიასთან ბიბლიის შეთანხმების მიზნით ორიგენე საღვთო წერილის ასახსნელად, უმთავრესად, ალეგორიულ მეთოდს აქტიურად იყენებდა. მისი აზრით, საღვთო წერილს ყოველთვის სულიერი მნიშვნელობა ჰქონდა, მაგრამ არ იყო აუცილებელი მისი სიტყვასიტყვით გაგება. როგორც ერთმა სწავლულმა შენიშნა, ამან საშუალება მისცა ორიგენეს, „ბიბლიიდან ამოკითხული აზრები თავის თეოლოგიურ სისტემასთან შეთანხმებულ არაბიბლიურ იდეებთან შეეთავსებინა, მაშინ როცა თავს დებდა იმაზე (და, უდავოდ, დარწმუნებული იყო საკუთარ გულწრფელობაში), რომ განსაკუთრებული ენთუზიაზმითა და სიზუსტით განმარტავდა ბიბლიის დედააზრს“.

ერთ წერილში, რომელიც ორიგენემ თავის მოსწავლეს მისწერა, მისი აზროვნება ჩანს. ორიგენეს თქმით, ისრაელებმა ეგვიპტური ოქროსგან დაამზადეს ჭურჭელი იეჰოვას ტაძრისთვის. ამის ასახსნელად მან ალეგორიული მეთოდი გამოიყენა, რათა ბერძნულ ფილოსოფიაზე დაყრდნობით ქრისტიანობის შესახებ ესწავლებინა. მან დაწერა: „როგორი გამოსადეგი იყო ისრაელი ბავშვებისთვის ეგვიპტიდან წამოღებული ნივთები, რომლებსაც ეგვიპტელები სათანადოდ არ იყენებდნენ, მაგრამ ებრაელები ამ ნივთებს ღვთის სიბრძნის ხელმძღვანელობით მისთვის მსახურებაში იყენებდნენ“. ამგვარად, ორიგენე მოუწოდებდა თავის მოსწავლეებს, „ღრმად ჩასწვდომოდნენ ბერძნული ფილოსოფიის ყველა იმ ასპექტს, რომლებიც, შესაძლოა, დაეხმარებოდა მათ ქრისტიანული მოძღვრებების გამოკვლევასა და ქრისტიანობისთვის მომზადებაში“.

ბიბლიის ასე თვითნებურად განმარტების გამო რთული გახდა ქრისტიანული მოძღვრებისა და ბერძნული ფილოსოფიის ერთმანეთისგან განსხვავება. მაგალითად, თავის წიგნში „პრინციპების შესახებ“ ორიგენემ აღგვიწერა იესო, როგორც „მხოლოდშობილი ძე, რომელიც დაიბადა, მაგრამ რომელსაც დასაბამი არა აქვს“. და დასძინა: „მისი წარმოშობა უსასრულო და მარადიულია. ძე არ შექმნილა სიცოცხლის სუნთქვის შედეგად, არც გარეშე ძალის ჩარევით, არამედ მისი წარმოშობა ღვთის ბუნებიდან მომდინარეობდა“.

ორიგენეს ეს აზრი ბიბლიაში არ აღმოუჩენია, რადგან საღვთო წერილში ნათქვამია, რომ იეჰოვას მხოლოდშობილი ძე არის „პირმშო ყოველი ქმნილებისა“ და „დასაბამი ღვთის ქმნილებისა“ (კოლასელთა 1:15; გამოცხადება 3:14). ღვთისმეტყველ ავგუსტ ნეანდერის თქმით, ორიგენე „პლატონის აკადემიაში მიღებული ფილოსოფიური განათლების“ საფუძველზე მივიდა „მარადიულობაში დაბადების“ იდეამდე. ამგვარად, ორიგენემ დაარღვია ძირითადი ბიბლიური პრინციპი: „არ გადახვიდეთ დაწერილს“ (1 კორინთელთა 4:6).

ბერძნულ ფილოსოფიასთან ბიბლიური სწავლებების შერწყმით ორიგენეს თეოლოგიური სისტემა მცდარი იდეებით გაიჟღინთა, რაც დამღუპველი აღმოჩნდა ქრისტიანული სამყაროსთვის. მაგალითად, თუმცა ორიგენეს უსაფუძვლო სპეკულატიური თეორიების უმეტესობა მოგვიანებით უარყოფილ იქნა, მისი მრწამსი ქრისტეს „მარადიულობაში დაბადების“ შესახებ ერთ-ერთ ძირითად საფუძვლად დაედო სამების არაბიბლიურ მოძღვრებას. წიგნში „პირველი სამი საუკუნის ეკლესია“ ნათქვამია: [ორიგენეს მიერ ჩამოყალიბებული] ფილოსოფიური მოძღვრებისადმი ინტერესი სწრაფად არ გამქრალა“. რა მოჰყვა ამას შედეგად? „ქრისტიანული რწმენის უბრალოება დამახინჯდა და ეკლესია უამრავი მცდარი სწავლებით აივსო“.